Gerson Martínez se encuentra prófugo de la justicia salvadoreña y es requerido junto a otros dos exfuncionarios del FMLN por el Juzgado Segundo de Paz de San Salvador por los delitos de lavado de dinero y activos y enriquecimiento ilícito por un monto estimado de $2.6 millones obtenidos de las arcas del Estado durante el Gobierno de Mauricio Funes. 

Por el mismo caso, otros cinco exfuncionarios del partido de izquierda se encuentran en prisión mientras continúa el proceso judicial en su contra.

Este día se confirmó, mediante su abogado defensor, Pedro Cruz, que Martínez se encuentra en México y ha sido recibido en condición de Refugiado Político, también se conoció que está tramitando un asilo en el país norteamericano.